更新变动及进度

已有功能的相关教程请见：Juseの软件开发

本次更新变动

  • 多种序列格式的转换（包括一些常见的 nex phylip 等）。
  • 将 PEP 序列转变成 CDS 序列。
  • 新添了一个学习计时器。
  • 修复了部分 Bug。

目前的功能进度

  • 提取最长转录本。（已实现）
  • 根据 id 提取序列。（已实现）
  • 对序列的 id 进行各种处理。（已实现）
  • 串联序列并得到分区信息。（已实现）
  • 批量改后缀。（已实现）
  • 批量进行序列格式转换。（已实现）
  • 批量提取 Orthofinder 的 orthogroup 对应的 CDS 序列。（已实现）
  • 批量进行序列的物种数和长度过滤。（拟下一次更新）
  • 增加自动绘图模块（例如火山图、富集图等）。（考虑中，新的模块将会大幅增加软件大小，Juse 正在权衡利弊）
  • 增加各种系统发育分析辅助工具（例如批量计算 RF 值或进行 ILS test Introgression detection 等）。（考虑中，新的模块将会大幅增加软件大小，Juse 正在权衡利弊）

叠盾警告⚠：不保证这些功能和想法一定会实现，本软件解释权归属 Juse 所有，本软件能走多远具体得看 Juse 能坚持多久。

下载地址：https://github.com/JuseTiZ/JuseKit/releases

序列格式转换及 CDS 提取

本文主要着重于这次更新新增的功能，其他模块请走这里。

序列格式转换

目前支持转换的方式只有 fasta 到其他格式（如图），暂不支持其他格式间的相互转换。

操作如图：

转换后的五种格式：

重点如下：

  • axt 格式是用来给 KaKs_Calculator 计算的，一般来说只能含有两种物种。
  • 判断序列是 DNA 还是 Protein 的逻辑是看属于哪种的序列数更多比如说有三条是 DNA 一条是 Protein 的话依然会判断成 DNA，如果既不是 DNA 又不是 Protein 又或者里面含有识别不了的字符的话那么 nex 文件中则会填写 Unknown。
  • 默认 gap 是 -。
  • 我并没有设置判断序列长度是否相同的函数，所以请务必检查输入的是否为比对后的序列。

PEP 转 CDS

正如这一功能下的注释所说，其实这一个功能只是根据 id 提取序列的高级版，本质上依然需要一个序列文件（里面为序列 id 和其对应的 cds 序列）。

应用场景：把 OrthoFinder 找出的 Orthogroup 对应的 cds 序列给提出来（现在 OrthoFinder 也支持输入核苷酸序列，但是由于比较核苷酸树和氨基酸树时最好使用一致的基因，所以这招依然有应用价值）。

操作方法如图：

最上面一栏输入 cds，第二栏输入 pep 序列所在文件夹（只包含 pep 序列），最下面设置输出路径（最好新建个文件夹输出）。

重点如下：

  • cds 要包含所有的 cds，即所有物种的 cds 序列都在里面。
  • 如果 cds 较大，那么进行提取前可能有较长的 cds 加载时间，不用着急。
  • 如果想把 cds 转成 pep 序列也是可以的，也就是反过来操作，原理一致。

不太正经的小玩意

这次更新还带来了一个功能叫做 学习计时小工具（在菜单栏中的实用小工具中）。

它会对每天的学习时间进行独立的统计，也就是说它是分天来计算的，然后每天的学习时间会记录在与 JuseKit.exe 文件相同路径下的 records.csv 中。

大致操作如下：

  • 打开窗口时它会根据系统时间确定日期，如果本日已有学习记录则会进行续点计时，如果没有则从零开始。
  • 点 开始学习 后时间开始积累，点 暂停学习 后时间停止积累并且更新学习记录。
  • 点击 学习记录 后会读取 records.csv 并新开窗口展示，里面有具体的学习日期和学习时长。

自我尝试了几天，只能说这个功能食之无味弃之可惜，但兴许有人会需要它。

不过其优点在于可以独立运行，打开这个窗口以后关闭 JuseKit 主窗口不会影响其使用。

后记

序列格式转换是一个经常需要用到的功能，后续我可能会继续完善它。

复制黏贴：

我会争取将这些功能慢慢完善，让它成为一个具有更广适用性的软件，希望能够帮助到某些盆友，当然我个人认为最大的可能是自娱自乐。

如果这个软件帮助到您了，您可以给它一个小小的 Star 聊表支持，或者在您汇报的时候引一下 https://github.com/JuseTiZ/JuseKit/ ，想必看着还是非常高端大气上档次的。