更新变动及进度

本次更新变动有：

  • 对序列的 id 进行前缀或后缀（尾缀）添加。
  • 对序列的 id 进行简化。
  • 对序列的 id 进行转换（变为物种名）。

部分功能的 Python 代码实现：比较转录组分析（三）—— 组装的质量检测与去冗余

更新变动

2023.04.13 新增了批量替换尾缀的功能，在进阶应用里进行了补充。

2023.04.24 处理组装 id 中的 删除原有文件 功能在什么时候都能使用了。

目前的功能进度

  • 提取最长转录本。（已实现）
  • 根据 id 提取序列。（拟下一次更新）
  • 对序列的 id 进行各种处理。（已实现）
  • 串联序列并得到分区信息。（拟下一次更新）
  • 批量 RBH 得到一对一直系同源基因。

新的想法

  • 批量提取 Orthofinder 的 orthogroup 对应的 CDS 序列。
  • 批量进行序列格式转换。
  • 批量改后缀。（拟下一次更新）

叠盾警告⚠：不保证这些功能和想法一定会实现，本软件解释权归属 Juse 所有，本软件能走多远具体得看 Juse 能坚持多久。

下载地址：https://github.com/JuseTiZ/JuseKit/releases

ID 处理

基本应用

本文主要着重于序列 id 的处理部分，其他模块请走这里。

这个模块的样子：

选项卡内是所有的功能，其余部分则为对应需要填写的信息以及批量处理等功能。

当你是在序列框中输入序列时，处理的序列会保留在 JuseKit.exe 所在文件夹中并被命名为 JuseKit.fa，生成的文件将是 JuseKit.mod.fa。当选择的选项不同时，所生成的文件尾缀也不同，前缀、尾缀、简化 id 以及转变物种名分别代表 pre、suf、sim 和 spe。

当选择文件进行处理时，处理的序列会保留在所选文件的文件夹中并被命名为 所选文件名.mod.fa，尾缀规则同上。

当选择前缀或后缀时，运行方式为：

当选择物种标识时，运行方式为（以上面生成文件为例）：

可以根据自己的序列名称自行定义物种标识，例如 _ 或 | 等。

当选择简化 id 时，不需要填写任何东西，直接运行即可。

进阶应用

批量处理是什么意思？它有什么用？

批量处理即将目标文件夹中所有的序列进行相同处理，从而便利于大规模的数据操作。

将选项与删除原有文件绑定，即删除原有文件并不会在其他功能中发挥作用。

2023.04.24 新版本中修复了部分闪退 bug，并且将删除原有文件选项与批量处理之间的绑定关系取消了。

叠盾警告⚠：在未存有备份文件的情况下请勿使用 删除原有文件 选项，否则造成的问题 Juse 概不负责。

这个选项很大程度上是为了 转变物种名 选项服务的，以下将以实际例子进行演示：

假设我有很多个多序列比对文件，其中每条序列可能来自于不同的物种，并且这些序列 id 的开头已经有 >物种名@ 标识。

1
2
3
4
5
6
>Human@Contig1
ZZSLZBC
>Mouse@Contig1
ZZSLZBG
>Bat@Contig1
ZADLZCG

这时就可以使用批量处理，将这些序列的 id 转变成对应的物种名，方便之后的一系列分析。

操作示例：

软件的进程会在批量处理工具卡下方的进度条显示，如果只想对特定文件处理，请在工具卡中指定文件尾缀，否则将对文件夹中的所有文件进行。

v0.3 更新

你的尾缀太憨憨了，我想要原来的样子！

v0.3 新增了批量替换尾缀的功能，在使用本文中的批量处理功能后，可以使用左上方工具栏中的第一个功能进行使用。

打开文件夹后，它会自动识别已有文件的尾缀并进行填充，直接运行就可以让它们变回去了。

后记

我会争取将这些功能慢慢完善，让它成为一个具有更广适用性的软件，希望能够帮助到某些盆友，当然我个人认为最大的可能是自娱自乐。

如果这个软件帮助到您了，您可以给它一个小小的 Star 聊表支持，或者在您汇报的时候引一下 https://github.com/JuseTiZ/JuseKit/ ，想必看着还是非常高端大气上档次的。