更新变动及进度

很久没更 JuseKit，这一段时间我也时不时在想我还能搞什么出来，或者说我最应该搞什么。很多其他有用的功能事实上在别的软件诸如 BTtools Phylosuite 中都有涵盖到，所以陷入了一段瓶颈期（说到底是不够勤勉）。

恰巧毕业以后已经没啥事，闲余之时就思考这些事情，想着既然已经把这个坑挖开来了，那就也不要想太多直接把最开始的设想全部完成一遍再说吧。

所以这一次的更新正式上线 —— 绘制火山图。

已有功能的相关教程请见：Juseの软件开发

本次更新变动

  • 修复了 ‘序列过滤’ 模块中文件不能拖拽读取的问题。
  • 新添了日志模块，报错后将有 error.log 出现在程序根目录。
  • 新增了画图模块，并完成了火山图绘制的功能。
  • 新增的模块导致软件大小的膨胀，对于不需要绘图且内存紧张的人来说可能不是好消息。

目前的功能进度

  • 提取最长转录本。（已实现）
  • 根据 id 提取序列。（已实现）
  • 对序列的 id 进行各种处理。（已实现）
  • 串联序列并得到分区信息。（已实现）
  • 批量改后缀。（已实现）
  • 批量进行序列格式转换。（已实现）
  • 批量提取 Orthofinder 的 orthogroup 对应的 CDS 序列。（已实现）
  • 批量进行序列的物种数和长度过滤。（已实现）
  • 火山图绘制。（已实现）
  • 气泡图绘制。（拟下一次更新）

叠盾警告⚠：本软件解释权归属 Juse 所有，本软件能走多远具体得看 Juse 能坚持多久。

下载地址：https://github.com/JuseTiZ/JuseKit/releases

火山图绘制

本文主要着重于这次更新新增的功能，其他模块请走这里。

火山图是差异表达分析中常出现的图片类型之一，由于其形状酷似火山喷发而得名。虽然普通的火山图并未包含太多有用的信息，但很多时候大家都会顺手画一画这个图，而这也是我水这篇文章的动机之一。

要求的数据

首先，输入的文件需为 csv 格式的表格，表格必须包含两列内容：

  • 差异倍数 Log2FoldChange（列名必须为 logFC 和 log2FoldChange 中的一个）。
  • 矫正 p 值（列名必须为 FDR 和 padj 中的一个，该处的列名会影响 y 轴标题）。

这样设置的原因是方便 DESeq2 和 edgeR 的输出表格在转换为 csv 格式后能直接输入软件进行作图。

绘图方法

打开软件，切换到绘图专区的 火山(volcano)图 模块，将会出现以下内容。

通过拖拽文件到输入区框中或点击右侧按钮输入文件路径。

参数设置区中：

  • |log2FC| 和 adj-P 为筛选差异表达基因的阈值，软件会根据设置的值区分点颜色并绘制辅助线。
  • 上调色 和 下调色 分别代表上调基因和下调基因的点颜色（不推荐选黄色）。
  • 其他图形设置中涉及到的参数如其标签所示，会影响各个元素的尺寸。
  • 你可以先尝试一下默认参数，此后再调整参数至满意为止。

点击运行会出现绘图窗口，如下图所示：

你可以进行如下操作：

  • 通过拖动窗口调整图片的大小，或者通过上方菜单中从右边数第二个和第三个按钮调整图片。

  • 待图片调整至满意状态，点击菜单最右方保存按钮进行保存。

快速入门：

  1. 首先想象一个合适的大小，将图片拖拽到该尺寸。
  2. 点击上方右侧第三个按钮，并点击弹出页面中的 Tight layout 将图片重新布局。
  3. 保存并输出为 pdf 格式（也可以输出为 png 等，但实测应该是 pdf 最清晰）。

最后将 pdf 文件转换所得图片：

一些注意事项：

  • 为了美观，图片的横轴为对称形式，如果出现一边较空的情况请调整 x 轴取值范围。
  • 图片标题为文件前缀，请尽量通过修改文件名来修改标题，因为在窗口中修改会导致标题大小变化。
  • 输出的 pdf 文件中的字体为 Type 3 格式，WPS 无法处理，可能需要用到其他处理软件如 Adobe Acrobat。
  • 标签设置在图的右上角外部，如若觉得不合适可以使用选项中的 (Re-)Generate automatic legend，但这同样会影响标题大小。
  • pdf 文件是可编辑的，有部分内容不合意也可输出为 pdf 文件后调整（WPS 可以先擦除字体再插入，该字体与微软雅黑相同）。

后记

事实上我不怎么用 Python 画图，但考虑到课题组文章里的图看上去像是用 Python 画的所以这一段时间也熟悉一下会更好。

不过 JuseKit 绘制的火山图事实上还有很多地方可以继续完善，比如说轴标题和标题的粗体亦或者更精细刻度的划分（像 Prism 那样），后面如果有机会的话我也会继续完善的。

新模块的增加导致 JuseKit 的大小迎来了一次巨变，但是后面更新新的绘图方法就不会再有什么变动了，从长远角度来看的话应该是利大于弊吧。之后所有版本的 JuseKit 我都将取消 .exe 格式的单文件上传（只上传压缩包），因为现在配置起来有些麻烦还要多指定一些隐模块。

最后是复制黏贴：

我会争取将这些功能慢慢完善，让它成为一个具有更广适用性的软件，希望能够帮助到某些盆友，当然我个人认为最大的可能是自娱自乐。

如果这个软件帮助到您了，您可以给它一个小小的 Star 聊表支持，或者在您汇报的时候引一下 https://github.com/JuseTiZ/JuseKit/ ，想必看着还是非常高端大气上档次的。