所需文件

需要准备的文件：通过 David 得到的富集分析结果表格。

软件的下载方式请自寻，请支持正版。

注意，本文着重的是无参转录组富集分析结果的网络图绘制，如果是有参基因组请移步它处。

绘图过程

首先我们需要通过 David 分析得到富集分析结果文件。

DAVID 富集分析教程可见：比较转录组分析（六）。

注意，这里对我来说仅选择 GO 的结果是不够的，因为这样会导致富集网络图中的节点数量过少（因为富集的 GO term 过少），因此我选择了更多的项（DAVID 的所有默认项）来进行富集结果的输出，可以根据个人的情况进行相应的调整。

得到表格以后可以直接输入 Cytoscape 进行绘制。

首先在 Apps 一栏中选择 App Manager 并下载以下两个插件：

  • Enrichment Map
  • WordCloud

此后打开 Apps 中的 Enrichment Map ，会跳出一个窗口，操作步骤如下图所示：

在这里可以输入多个表格（例如分别输入上调基因和下调基因的富集分析表格）。此外，在输入了表达量文件后左下角部分还可对基因进行表达量过滤，右下角可以通过调整参数来调节节点的聚集程度和连接程度等。勾选 Show advanced options 后还可进行更加细节的调整（例如设置 p 值和 FDR 值阈值、调整节点间距离计算方式等），这些都可以看个人的需要和偏好进行尝试和更改。

这里我输入了两份文件（一个是上调基因的富集分析结果，另一个是下调基因的富集分析结果），然后略微调整了下下面的参数等。

也可以多尝试几个参数看一看哪一种情况最好，然后选择觉得最不错的用于后续处理。

此后的一些操作网络的基本方式：

  • 左 Ctrl 键 + 长按鼠标左键选择要拖动的节点进行布局。
  • 选中节点后可以用右键进行各种编辑（删除、绑定成组、甚至乎寻找对应的 GO 描述或通路描述等）。

如果想要给一块聚在一起的基因集进行注释以说明它们代表着哪些功能，方式有以下两种：

①、选中目标节点，然后右键选择 Apps 中的 AutoAnnotate。

但上述方法从效果上来说显然是不太好的，因此为了追求更好的效果可以选择下一种方式：

②、选中目标节点，然后右键选择 Apps 中的 Create Cloud。此时会出来一个词云图，展示了各种词的词频大小等。

知道关键词 Hsp 以后，选择左侧栏中的 Annotation ，选择栏目中上方第三个图案，拖拽至指定位置并作调整，此后用第一个添加文字注释，效果如下：

通过这种方法，划分不同区块基因集，同时利用注释图案的颜色分别标注出上调和下调基因，同时拖拽节点到合适位置，就能造出一个有模有样的富集网络图了：

另外如果觉得这种点的样式太丑也可以自己在左侧的 style 中进行详细的修改等。

更多进阶的知识可以查看 Enrichment Map 的官方 tutorial ：EnrichmentMap Cytoscape App 3.5 — EnrichmentMap 3.5 documentation

题外话

Cytoscape 的功能很强大，里面还有许多的插件可以用来做富集网络图，比如说 ClueGO 就是一个很好的选择。

此外它还可以绘制共表达网络图等类型的图，只需要下载相应的插件即可。