关于人类基因组注释中起始和终止位点相同的现象
前言已经有一个月没有更新文章，之前在知乎看到过一段话，大体是说写博客最重要的不是怎么把博客做的好看，而是如何持之以恒地产出，这句话让我感触颇深，正值国庆期间放假，就记录一下这段时间在分析数据时候发现的东西，以后万一有其他朋友发现并疑惑也好快速找到答案。
基因组注释中长度为 1 的现象解释在使用基因组注释（版本：https://www.gencodegenes.org/human/release_19.html ）时，我发现了两个问题：
有些 CDS 的长度为 1。
CDS 的长度不一定为 3 的倍数。
由于我是先发现的第一个问题，此后才发现的第二个问题，因此顺序如上，首先看一看第一个问题：
12345678910111213# First, download the GENCODE v19 annotation file$ wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_19/gencode.v19.annotation.gtf.gz# Next, extract and count t ...
JuseKit（八） —— 计算转录组组装指标
generatePortalLinks(8);
更新变动及进度JuseKit 故事传之开学第一天，我在课题组实验室搞新功能。
已有功能的相关教程请见：Juseの软件开发
本文所涉及功能借鉴了 Trinity 脚本的输出格式。
本次更新变动
完善了部分报错提示。
完善了部分文本显示。
新增了转录组组装指标计算功能。
目前的功能进度
提取最长转录本。
根据 id 提取序列。
对序列的 id 进行各种处理。
串联序列并得到分区信息。
批量进行序列格式转换。
批量提取 Orthofinder 的 orthogroup 对应的 CDS 序列。
批量进行序列的物种数和长度过滤。
火山图绘制。
气泡图绘制。
组装指标计算。
叠盾警告⚠：本软件解释权归属 Juse 所有，本软件能走多远具体得看 Juse 能坚持多久。
下载地址：https://github.com/JuseTiZ/JuseKit/releases
转录组组装指标计算本文主要着重于这次更新新增的功能，其他模块请走这里。
要求的数据需要输入的数据为 fasta 格式的序列文件。
可通过将文件拖拽至文本框或者点击右侧按钮读取文 ...
基于 js 在系列文章开头设置文章传送门（hexo + butterfly）
示例效果
generatePortalLinks(3);
注：以上超链接并没有任何指向，只作示例用！
前言事实上这个想法在很早以前就有了，但那时候我还不知道具体的实行方案（只知道最笨的方法是直接在每篇文章开头自己写传送门，不过每次更新一篇新的文章以后就要全部都补充一遍，非常麻烦）。在经过博客一系列的魔改以后，也算是储备了一小些基本的 css js 知识，所以就有了这篇文章。
js 实现首先 hexo-theme-butterfly\source\js（请替换成自己的 js 文件存放路径）中新建一个 portallinks.js 文件，在里面填写以下内容：
12345678910111213141516171819202122232425262728293031function generatePortalLinks(currentArticleId) { var links = [ //填写 id 及对应的标题和链接 { id: 1, title: "这里填写标题 1", url: "这里填写链接 1" }, { id: 2, t ...
JuseKit（七） —— 绘制 GO 富集分析气泡图
generatePortalLinks(7);
更新变动及进度和上次更新火山图功能正好相差一个月，也算是勉强符合一开始二至四周一更的预期？
这次更新说实话还是遇到了很多困难的，最直观的体验应该是用 R 画气泡图可比用 Python 方便多了。
不过既然已经引入了绘图的库，那么就理应尽善尽美，所以这一次的更新正式上线 —— 绘制富集分析气泡图。
已有功能的相关教程请见：Juseの软件开发
使用 R 绘制气泡图的教程可见：比较转录组分析（六）—— GO 富集分析与可视化
本次更新变动
修复了 ‘火山图绘制’ 模块中文件不能通过点击按钮读取的问题。
新增了气泡图绘制功能。
新增了 GO id 注释功能（23.8.27）。
目前的功能进度
提取最长转录本。（已实现）
根据 id 提取序列。（已实现）
对序列的 id 进行各种处理。（已实现）
串联序列并得到分区信息。（已实现）
批量改后缀。（已实现）
批量进行序列格式转换。（已实现）
批量提取 Orthofinder 的 orthogroup 对应的 CDS 序列。（已实现）
批量进行序列的物种数和长度过滤。（已实现）
火山图绘制。 ...
DiscoVista 可视化系统发育不一致
关于系统发育不一致基因树不一致是一个常见的问题，导致这个问题的原因有很多，如上一篇文章中提到过的谱系不完全分选和渐渗，此外也可能是因为：
水平基因转移（Horizontal Gene Transfer）。
基因遗传方式的差异（核基因和线粒体基因）。
有时我们会想要找出物种树和基因树间的不一致在哪以及有多严重，因此我们需要一个可以可视化并且能够提供良好解释性的工具。
所以这篇文章将介绍 DiscoVista（Discordance Visualization Tool），它可以帮助我们可视化特定类群在不同树间的拓扑不一致情况。
DiscoVista 的安装和使用DiscoVista github：https://github.com/esayyari/DiscoVista/tree/master
详细的示例教程：https://github.com/esayyari/DiscoVista/tree/master/example
前排提示，该文所使用的 DiscoVista 经过了博主本人的一些修改以方便使用，如果想要使用和作者一样的版本请更改安装步骤为：
1234$ git clo ...
使用 IQTREE 计算一致性因子
关于谱系不完全分选和渐渗
注意：该前言部分使用 ChatGPT4.0 生成并由 Juse 纠正总结，图源自维基百科。
问题：请介绍一下谱系不完全分选（ILS）和渐渗（introgression）对推断系统发育关系的影响，随之引出基因一致性因子（gene concordance factor）和位点一致性因子（site concordance factor）的概念并介绍它们的作用。
在生物学中，推断不同物种的系统发育关系是一个核心课题。然而，系统发育树的构建很复杂，可能受到多种因素的影响。这里我们着重介绍两个重要因素：谱系不完全分选（Incomplete Lineage Sorting，简称 ILS）和渐渗（Introgression）。
谱系不完全分选 (ILS)： 谱系不完全分选发生在物种分化的过程中。当两个物种在很短的时间内分化时，一些基因座可能没有足够的时间来完全分化，因此这些基因座在不同物种之间可能会保留共同的祖先多态性。这意味着即使两个物种已经分化，它们的一些基因序列可能仍然相似。这在系统发育树的构建中会引入混乱，因为它可能导致基于这些基因的树与真实的物种树不一致。
...
贝叶斯建树之 Mrbayes 篇
贝叶斯建树原理及优缺点
注意：该前言部分使用 ChatGPT4.0 生成并由 Juse 纠正总结。
问题：请介绍一下系统发育分析中的贝叶斯推断法（原理、优缺点等），并指出几个代表生信软件。
在系统发育学中，贝叶斯推断是一种常用的统计方法，用于根据观测数据推断出物种间的系统发育关系。
原理：
贝叶斯推断的原理基于贝叶斯定理，该定理可以将先验概率和似然度结合起来，得到后验概率。
在系统发育分析中，贝叶斯推断法被用来估计种群或物种之间的演化关系。这种方法假设所有可能的树形图都存在某种先验概率，并使用蒙特卡洛马尔科夫链（MCMC）来在所有可能的树形图和其关联参数的空间中进行采样。每一步，系统会根据特定的概率提议一种新的树形图或参数，然后根据新的树形图或参数与当前状态的拟合度决定是否接受。
优点：
贝叶斯推断提供了一种直观的方式来理解不确定性和证据的权重。因为后验概率可以直接解释为在给定数据下模型或参数的概率。
贝叶斯推断允许使用先验信息，有助于引导分析并提高准确性。
缺点：
计算复杂性高，尤其是对于大数据集。MCMC方法需要长时间的运行才能确保采样的充分性。
对先验概率的选择可能对结 ...
JuseKit（六） —— 绘制火山图
generatePortalLinks(6);
更新变动及进度很久没更 JuseKit，这一段时间我也时不时在想我还能搞什么出来，或者说我最应该搞什么。很多其他有用的功能事实上在别的软件诸如 BTtools Phylosuite 中都有涵盖到，所以陷入了一段瓶颈期（说到底是不够勤勉）。
恰巧毕业以后已经没啥事，闲余之时就思考这些事情，想着既然已经把这个坑挖开来了，那就也不要想太多直接把最开始的设想全部完成一遍再说吧。
所以这一次的更新正式上线 —— 绘制火山图。
已有功能的相关教程请见：Juseの软件开发
本次更新变动
修复了 ‘序列过滤’ 模块中文件不能拖拽读取的问题。
新添了日志模块，报错后将有 error.log 出现在程序根目录。
新增了画图模块，并完成了火山图绘制的功能。
新增的模块导致软件大小的膨胀，对于不需要绘图且内存紧张的人来说可能不是好消息。
目前的功能进度
提取最长转录本。（已实现）
根据 id 提取序列。（已实现）
对序列的 id 进行各种处理。（已实现）
串联序列并得到分区信息。（已实现）
批量改后缀。（已实现）
批量进行序列格式转换。（已实现）
批 ...
Astral 建树指南
系统发育分析各类方法系统发育关系重建的方法是有很多的，耳熟能详的就有最大似然法（ML）、贝叶斯推断法（BI）、邻接法（NJ，距离法的一种代表性方法）、最大简约法（MP）等等，作为一个伪 Phylotranscriptomics 学者，学会各种建树方法也是很有必要的 —— 事实上，在很多文章中也能看到作者会采用好几种不同的方法来进行物种树重建（甚至乎会采用不同的进化模型）。这篇文讲的就是一个在研究中经常出现的软件 Astral。
在讲之前需要先明确一个概念，Astral 是一种 Coalescent-based method，这也是一个经常会在文章里面出现的词，此外还有 Concatenated-based method，关于两者的概念 ChatGPT 的说法：
Coalescent-based method: Coalescent-based 方法是一种模拟基因座的共同祖先的过程来构建进化树的方法。在这种方法中，每个基因座可能有自己独立的进化历史，而不是假设整个基因组有一个统一的历史。这种方法通常用于处理物种树和基因树的不一致性，比如基因水平转移、混合和不完全谱系分选。这是一种比 ...
JuseKit（五） —— 用于系统发育分析的序列过滤
generatePortalLinks(5);
更新变动及进度貌似距离上次更新已经有一段时日了，这一段时间忙完了各种事儿，也算迎来了本科生涯的最后一段悠闲时光。正好趁着这股兴致，把新的 Jusekit 文章给肝出来。
已有功能的相关教程请见：Juseの软件开发
Python 代码实现：比较转录组分析（七）—— 系统发育分析
本次更新变动
新增序列过滤功能。
序列串联输出的 log 文件新增 gap 信息。
新增了部分按钮选择文件时的后缀选项。
目前的功能进度
提取最长转录本。（已实现）
根据 id 提取序列。（已实现）
对序列的 id 进行各种处理。（已实现）
串联序列并得到分区信息。（已实现）
批量改后缀。（已实现）
批量进行序列格式转换。（已实现）
批量提取 Orthofinder 的 orthogroup 对应的 CDS 序列。（已实现）
批量进行序列的物种数和长度过滤。（已实现）
叠盾警告⚠：本软件解释权归属 Juse 所有，本软件能走多远具体得看 Juse 能坚持多久。
下载地址：https://github.com/JuseTiZ/JuseKit/releas ...
关于 PAML 的一二三事
PAML 简介PAML，全称 Phylogenetic Analysis by Maximum Likelihood，由国人大佬杨子恒教授开发，是一款用于进行各种系统发育分析的软件包。里面的诸多模型可以说是系统发育学文章里的常客，其所涵盖的功能包括但不限于：
重建系统发育树。
检测选择压力。
估计进化速率。
估计物种或基因的分歧时间。
想要最详细地了解这个软件，可直接下载官方 tutorial 进行啃读：
PAML Manual：http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/pamlDOC.pdf
PAML FAQs：http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/pamlFAQs.pdf
也有其他博主写的精细介绍，详见：PAML-discussion-group from 简书
如果有些报错问题或者运行问题在网上找不到解释，也许可以看看 PAML 的谷歌论坛。
提示，本文将基于 linux 系统的操作进行讲解。
更新日志2023.05.20 补充了支位点模型的局限性。
2023.06.21 补充了自由比模 ...
JuseKit（四） —— 序列格式转换以及 Orthogroup 的 cds 提取
generatePortalLinks(4);
更新变动及进度已有功能的相关教程请见：Juseの软件开发
本次更新变动
多种序列格式的转换（包括一些常见的 nex phylip 等）。
将 PEP 序列转变成 CDS 序列。
新添了一个学习计时器。
修复了部分 Bug。
目前的功能进度
提取最长转录本。（已实现）
根据 id 提取序列。（已实现）
对序列的 id 进行各种处理。（已实现）
串联序列并得到分区信息。（已实现）
批量改后缀。（已实现）
批量进行序列格式转换。（已实现）
批量提取 Orthofinder 的 orthogroup 对应的 CDS 序列。（已实现）
批量进行序列的物种数和长度过滤。（拟下一次更新）
增加自动绘图模块（例如火山图、富集图等）。（考虑中，新的模块将会大幅增加软件大小，Juse 正在权衡利弊）
增加各种系统发育分析辅助工具（例如批量计算 RF 值或进行 ILS test Introgression detection 等）。（考虑中，新的模块将会大幅增加软件大小，Juse 正在权衡利弊）
叠盾警告⚠：不保证这些功能和想法一定会实现，本软件 ...
JuseKit（三） —— 串联序列、根据id提取序列、批量修改文件尾缀
generatePortalLinks(3);
更新变动及进度已有功能的相关教程请见：Juseの软件开发
更新日志2023.06.21 完善了输出的 log 信息。
本次更新变动
对序列进行串联（支持 IQ-TREE 分区文件的生成）。
根据 id 提取序列。
批量修改文件的后缀（已经补充在第二篇的进阶应用中了）。
修复了部分 Bug。
目前的功能进度
提取最长转录本。（已实现）
根据 id 提取序列。（已实现）
对序列的 id 进行各种处理。（已实现）
串联序列并得到分区信息。（已实现）
批量改后缀。（已实现）
批量进行序列格式转换。（拟下一次更新）
批量 RBH 得到一对一直系同源基因。（拟废弃，因为 diamond 的 windows 部署有些麻烦）
批量提取 Orthofinder 的 orthogroup 对应的 CDS 序列。（拟下下次更新）
增加自动绘图模块（例如火山图、富集图等）。（考虑中，新的模块将会大幅增加软件大小，Juse 正在权衡利弊）
叠盾警告⚠：不保证这些功能和想法一定会实现，本软件解释权归属 Juse 所有，本软件能走多远具体得看 Ju ...
JuseKit（二） —— 序列id简化、加前缀尾缀或转变为物种名
generatePortalLinks(2);
更新变动及进度本次更新变动有：
对序列的 id 进行前缀或后缀（尾缀）添加。
对序列的 id 进行简化。
对序列的 id 进行转换（变为物种名）。
部分功能的 Python 代码实现：比较转录组分析（三）—— 组装的质量检测与去冗余
更新变动2023.04.13 新增了批量替换尾缀的功能，在进阶应用里进行了补充。
2023.04.24 处理组装 id 中的 删除原有文件 功能在什么时候都能使用了。
目前的功能进度
提取最长转录本。（已实现）
根据 id 提取序列。（拟下一次更新）
对序列的 id 进行各种处理。（已实现）
串联序列并得到分区信息。（拟下一次更新）
批量 RBH 得到一对一直系同源基因。
新的想法
批量提取 Orthofinder 的 orthogroup 对应的 CDS 序列。
批量进行序列格式转换。
批量改后缀。（拟下一次更新）
叠盾警告⚠：不保证这些功能和想法一定会实现，本软件解释权归属 Juse 所有，本软件能走多远具体得看 Juse 能坚持多久。
下载地址：https://github.com/J ...