比较转录组分析（一）—— 前提及概要
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关于生信分析生信分析中会用软件很重要，但我们也应当清楚每一步做了什么以及结果里包含了什么信息，我们能够从这些结果里获得哪些生物学意义，而不是糊里糊涂地跑了一套流程了事。
所以在很多方面我们还是应当具有基础的知识储备，在跑流程的过程里也应当清楚自己在做什么，为什么。
更新日志2022-11-14 补充了分析的流程图
2022-11-21 补充修改了部分内容
2022-12-01 补充修改了部分内容
2023-07-03 精简了内容
2024-03-04 先前 RNA-seq Pipeline 文章的网站已经失效，因此进行了一定的补充修改
所需理论知识
一些基本的生物学知识。
一些基本的统计学知识。
一些基本的编程知识。
事实上并不是一定要知根知底才行，很多东西是可以边分析边学的，但是最基础的一些概念也要有，这里我推荐艾伯特先生的细胞生物学精要作为生物整体框架的理解，看完以后说不定能激发个人对生物的兴趣。而关于统计学方面的知识可能就看个人需求了，但是应该至少清楚自己在分析中所使用的统计学方法的具体原理和假设，以确定自己的分析应用 ...
生信导论
前言该前言部分已于 2024 年 6 月更新：
点看这篇文章看的第一感觉是羞耻，第二感觉是感慨。
时间过得真的是很快的，写这篇文章的时候我还什么都没有做到。现在也算是累积了一些小成果了，一方面是博客上日均访问人数和访问次数都有了极大提升，另一方面是学术上已经在顶刊（IF=17.3）中参与了审稿返修中算是比较重要的工作。很多技能的熟练度也非两年前可比，甚至感觉一开始写这篇文章时候的自己有些傲慢。
学术路上，见的越多感觉自己不知道的也越多。只能说无止境的学习是在科研路上走下去的基础之基础，但想了想干什么事不是这样呢，所以以后也需戒骄戒躁，望诸君共勉。希望两年后再看这篇文章，我同样能感受到自己的进步。
注：以下内容整体结构未变，但根据我目前的认识进行了一些修改。
什么是生信？这个问题的答案事实上也很清楚，生物信息学事实上就是一门通过分析生物信息来探索生物的学科，属于生命科学与计算机科学的交叉学科，目前来看，这门学科已经有了相当庞大的规模，事实上随便翻一篇跟生物有关的论文，里面都或多或少夹杂着生信的学问。
目前国内生信方向的课题组一般来说可以分为两个侧重点：
①、注重上游方法开发。这些课题组一 ...