注:这是从 2022.12.29 开始记录的,在此之前的更新并未被记录其中。
2024
8-23
- 发布了新文章(簇突变的类型简介及识别方法(Clustered mutation classification))。
- 久违地魔改了下博客。
- 新添夜间初次进入博客是否切换夜间模式的询问(取代先前的默认夜间模式)。
8-15
- 发布了新文章(rsync 中排除文件的规则详解(rsync –exclude))。
- 更新了文章(dN/dS 的计算及其核心理念)。
7-26
- 更新了文章(Clash for windows 中让某些域名绕过代理)。
- 补充了如何绕过 web of science。
7-25
- 对文章中的老代码进行了修改,包括但不限于模块化及内容调整,使其更具可读性。
- 部分文章中的代码变动可能未同步,最新版本请见 Github。
7-08
- 更新了文章(Snakemake pipeline 搭建的进阶教程)。
- 更新了文章(通过 bowtie2 + macs3 分析 ChIP-Seq 数据)。
- 补充了 ChIP-seq data call peak 的 Snakemake Pipeline。
7-08
- 更新了文章(Snakemake pipeline 搭建的进阶教程)。
- 补充了可拓展点。
7-06
- 发布了新文章(Snakemake pipeline 搭建的进阶教程)。
6-30
- 更新了文章(生信导论)。
6-29
- 发布了新文章(对 bedgraph 文件进行 lowess 平滑操作)。
6-27
- 更新了文章(fasterq-dump 下载 SRA 文件时报错的解决方法(err: cmn_iter))。
- 添加了
ascp
下载 fastq 文件时可能出现的问题。
- 添加了
6-12
- 更新了文章(fasterq-dump 下载 SRA 文件时报错的解决方法(err: cmn_iter))。
- 添加了
ascp
的替代方案。
- 添加了
6-09
- 发布了新文章(获取基因组上 intron 区域及对应链信息的方法)。
- 发布了新文章(Ensembl VEP plugins 的使用方法(Alphamissense、dbNSFP 等))。
5-10
- 发布了新文章(fasterq-dump 下载 SRA 文件时报错的解决方法(err: cmn_iter))。
5-03
- 发布了新文章(提取 bwa 比对中唯一比对 reads(uniquely mapped reads)的方法)。
4-24
- 更新了文章(通过 bowtie2 + macs3 分析 ChIP-Seq 数据)。
4-20
- 发布了新文章(bismark 分析 Bisulfite-Seq 数据的流程示例)。
4-16
- 发布了新文章(通过 bowtie2 + macs3 分析 ChIP-Seq 数据)。
4-2
- 发布了新文章(远程服务器无 root 权限时 LightGBM GPU 版的安装方法)。
3-18
- 发布了新文章(全基因组 CpG (or nonCpG) 位点 bed 文件的获取方式)。
3-04
- 更新了文章(比较转录组分析(一)—— 前提及概要)。
2-20
- 发布了新文章(Clash for windows 中让某些域名绕过代理)。
1-20
- 发布了新文章(通俗易懂的贝叶斯深度神经网络介绍及代码实现)。
1-03
- 更新了文章(当 cmake 遇上 permission denied)。
2023
12-30
- 发布了新文章(dN/dS 的计算及其核心理念)。
12-13
- 发布了新文章(slurm 作业数组的正确使用姿势)。
11-28
- 更新了文章(常见的一些 linux 实用命令)。
11-27
- 更正网站规范标签。
11-24
- 发布了新文章(DNA 语言模型 GPN 在突变效应预测中的应用及表现)。
11-22
- 发布了新文章(深度学习 loss 追踪器(用于追踪 loss 变化))。
11-08
- 更新了文章(贝叶斯建树之 Mrbayes 篇)。
10-30
- 因为没梯子访问 Cloudflare 加速的页面(指博客)实在太慢了,所以在有的没的及个人介绍页面添加了梯子链接。
10-29
- 发布了新文章(Python 循环太费时?让多进程解决这个问题(concurrent))。
10-12
- 发布了新文章(Python seaborn 绘制复杂多变量图(hexbin + 拟合直线))。
10-09 重大更新
- 针对 Bing 的 SEO 报告对所有文章进行了修改以优化搜索引擎扫描。
10-08 重大更新
- 更新域名,通过脚本继承旧域名主要页面阅读量。
10-07
- 更新了文章(贝叶斯建树之 Mrbayes 篇)。
10-05
- 发布了新文章(关于人类基因组注释中起始和终止位点相同的现象)。
9-09
- 为 Jusekit 系列文章新增了界面演示超链接。
9-05
- 更新了文章(DiscoVista 可视化系统发育不一致)。
9-02
- 更新了文章(比较转录组分析(七)—— 系统发育分析)。
- 更新了 JuseKit,现在可以通过菜单项快速找到相应教程。
9-01
- 发布了新文章(JuseKit(八) —— 计算转录组组装指标)。
8-27
- 更新了文章(JuseKit(七) —— 绘制 GO 富集分析气泡图)。
8-26
- 更新了琐碎的日常。
8-19
- 更新了文章(关于 PAML 的一二三事)。
8-11
- 发布了新文章(基于 js 在系列文章开头设置文章传送门(hexo + butterfly))。
8-09
- 在系列文章(比较转录组分析 & JuseKit)的开头通过 js 引入了传送门,以实现文章之间的引流。
8-04
- 发布了新文章(JuseKit(七) —— 绘制 GO 富集分析气泡图)。
8-02
- 更新了文章(比较转录组分析(七)—— 系统发育分析)。
7-24
- 简化了不必要的 web 元素。
7-19
- 更新了文章(关于 PAML 的一二三事)。
7-16
- 更新了文章(比较转录组分析(七)—— 系统发育分析)。
7-13
- 更新了文章(常见的一些 linux 实用命令)。
- 修改了部分页面布局。
7-12
- 发布了新文章(DiscoVista 可视化系统发育不一致)。
7-08
- 精简了部分文章内容。
- 修改了部分文章图片大小。
7-07
- 更新了文章(常见的一些 linux 实用命令)。
- 发布了新文章(使用 IQTREE 计算一致性因子)。
- 精简了部分文章内容。
7-06
- 发布了新文章(贝叶斯建树之 Mrbayes 篇)。
7-04
- 更新了文章(用于 IQtree 的序列串联方法)。
- 发布了新文章(JuseKit(六) —— 绘制火山图)。
7-03
- 解封并更新了文章(单基因 dN、dS 和 ω 的滑动窗口绘制方法)。
- 更新了文章(关于 PAML 的一二三事)。
- 更新了文章(生信导论)。
- 更新了文章(比较转录组分析(一)—— 前提及概要)。
- 更新了文章(比较转录组分析(二)—— 原始数据的质控与转录组组装)。
- 更新了文章(比较转录组分析(三)—— 组装的质量检测与去冗余)。
- 更新了文章(比较转录组分析(四)—— 组装的注释)。
- 更新了文章(比较转录组分析(五)—— 转录本定量与差异表达分析)。
6-26
- 解封并更新了文章(比较转录组分析(六)—— GO 富集分析与可视化)。
6-24
- 更新了文章(关于 PAML 的一二三事)。
- 解封并更新了文章(比较转录组分析(七)—— 系统发育分析)。
6-23
- 发布了新文章(Astral 建树指南)。
6-21
- 更新了文章(关于 PAML 的一二三事)。
- 更新了文章 常见的一些 linux 实用命令 。
- 更新了文章(JuseKit(三) —— 串联序列、根据id提取序列、批量修改文件尾缀)。
5-20
- 更新了文章(关于 PAML 的一二三事)。
5-14
- 发布了新文章(JuseKit(五) —— 用于系统发育分析的序列过滤)。
- 修正了所有 Jusekit 文章中的下载地址。
5-6
- 发布了新文章(关于 PAML 的一二三事)。
4-26
- 发布了新文章(JuseKit(四) —— 序列格式转换以及 Orthogroup 的 cds 提取)。
- 更新了文章(比较转录组分析(七)—— 系统发育分析)。
4-24
- JuseKit 更新,先行版本已在 github 上发布。
- 更新了文章(JuseKit(二) —— 序列id简化、加前缀尾缀或转变为物种名)。
4-20
- JuseKit 更新,先行版本已在 github 上发布。
- 更新了文章(比较转录组分析(五)—— 转录本定量与差异表达分析)。
4-13
- 发布了新文章(JuseKit(三) —— 串联序列、根据id提取序列、批量修改文件尾缀)。
- 更新了文章(JuseKit(二) —— 序列id简化、加前缀尾缀或转变为物种名)。
- 对博客的夜间模式页面进行了完善,现在的夜间模式也能正常使用了!
4-9
- 发布了新文章(JuseKit(二) —— 序列id简化、加前缀尾缀或转变为物种名)。
4-8
- 发布了新文章(JuseKit(一) —— 提取最长转录本)。
4-7
- 更新了文章 用于 IQtree 的序列串联方法。
- 更新了杂谈,可以在琐碎的日常里偷窥 Juse 和他伙伴们的抽象大作了。
4-6
- 发布了新文章(文献分享篇(一)—— 系统发育转录组学是否靠谱?)。
3-27
- 发布了新文章(关于 mamba install 时会出现的两个错误解决方案)。
3-13
- 发布了新文章(单基因 dN、dS 和 ω 的滑动窗口绘制方法)。
3-9
- 更新了文章 常见的一些 linux 实用命令 。
- 发布了新文章(当 cmake 遇上 permission denied)。
3-2
- 发布了新文章(基于 Cytoscape 的富集网络图绘制)。
2-23
- 更新了文章 常见的一些 linux 实用命令 。
2-17
- 发布了新文章(比较转录组分析(七)—— 系统发育分析)。
- 更新了文章 常见的一些 linux 实用命令 ,更改了其中的部分内容。
- 更新了琐碎的日常。
2-6
- 更新了比较转录组分析(三)文章,修改了更新日志中的 tip。
1-31
- 修改了部分页面的布局,简化掉了一些花里胡哨的东西(虽然还存在一部分)。
1-29
- 发布了新文章(用于 IQtree 的序列串联方法)。
- 更新了琐碎的日常。
1-11
- 更新了比较转录组分析(四)文章,删除了后记的题外话部分,新添了 KEGG 注释的方法。
2022
12-29
- 开设了更新日志栏目。
- 更新了比较转录组分析(四)文章,新添了 GO 分类柱状图的绘制方法。
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