博客的更新日志

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注：这是从 2022.12.29 开始记录的，在此之前的更新并未被记录其中。

2024

12-18

• 发布了新文章（基于 US-align 计算两个蛋白结构之间的 RMSD 和 TM-score）。

11-16

• 发布了新文章（使用 ESM 计算蛋白序列的突变影响分数）。

11-11

• 发布了新文章（基于 JCVI 共线性分析确定一对一直系同源基因）。

10-17

• 更新了文章（比较转录组分析（四）—— 组装的注释）。

10-10

• 发布了新文章（获取 vcf 文件中每个个体携带的突变数量）。

9-19

• 发布了新文章（vscode 在远程服务器上通过 jupyter notebook 使用 R）。

8-23

• 发布了新文章（簇突变的类型简介及识别方法（Clustered mutation classification））。
• 久违地魔改了下博客。
  • 新添夜间初次进入博客是否切换夜间模式的询问（取代先前的默认夜间模式）。

8-15

• 发布了新文章（rsync 中排除文件的规则详解（rsync --exclude））。
• 更新了文章（dN/dS 的计算及其核心理念）。

7-26

• 更新了文章（Clash for windows 中让某些域名绕过代理）。
  • 补充了如何绕过 web of science。

7-25

• 对文章中的老代码进行了修改，包括但不限于模块化及内容调整，使其更具可读性。
  • 部分文章中的代码变动可能未同步，最新版本请见 Github。

7-08

• 更新了文章（Snakemake pipeline 搭建的进阶教程）。
• 更新了文章（通过 bowtie2 + macs3 分析 ChIP-Seq 数据）。
  • 补充了 ChIP-seq data call peak 的 Snakemake Pipeline。

7-08

• 更新了文章（Snakemake pipeline 搭建的进阶教程）。
  • 补充了可拓展点。

7-06

• 发布了新文章（Snakemake pipeline 搭建的进阶教程）。

6-30

• 更新了文章（生信导论）。

6-29

• 发布了新文章（对 bedgraph 文件进行 lowess 平滑操作）。

6-27

• 更新了文章（fasterq-dump 下载 SRA 文件时报错的解决方法（err: cmn_iter））。
  • 添加了 ascp 下载 fastq 文件时可能出现的问题。

6-12

• 更新了文章（fasterq-dump 下载 SRA 文件时报错的解决方法（err: cmn_iter））。
  • 添加了 ascp 的替代方案。

6-09

• 发布了新文章（获取基因组上 intron 区域及对应链信息的方法）。
• 发布了新文章（Ensembl VEP plugins 的使用方法（Alphamissense、dbNSFP 等））。

5-10

• 发布了新文章（fasterq-dump 下载 SRA 文件时报错的解决方法（err: cmn_iter））。

5-03

• 发布了新文章（提取 bwa 比对中唯一比对 reads（uniquely mapped reads）的方法）。

4-24

• 更新了文章（通过 bowtie2 + macs3 分析 ChIP-Seq 数据）。

4-20

• 发布了新文章（bismark 分析 Bisulfite-Seq 数据的流程示例）。

4-16

• 发布了新文章（通过 bowtie2 + macs3 分析 ChIP-Seq 数据）。

4-2

• 发布了新文章（远程服务器无 root 权限时 LightGBM GPU 版的安装方法）。

3-18

• 发布了新文章（全基因组 CpG (or nonCpG) 位点 bed 文件的获取方式）。

3-04

• 更新了文章（比较转录组分析（一）—— 前提及概要）。

2-20

• 发布了新文章（Clash for windows 中让某些域名绕过代理）。

1-20

• 发布了新文章（通俗易懂的贝叶斯深度神经网络介绍及代码实现）。

1-03

• 更新了文章（当 cmake 遇上 permission denied）。

2023

12-30

• 发布了新文章（dN/dS 的计算及其核心理念）。

12-13

• 发布了新文章（slurm 作业数组的正确使用姿势）。

11-28

• 更新了文章（常见的一些 linux 实用命令）。

11-27

• 更正网站规范标签。

11-24

• 发布了新文章（DNA 语言模型 GPN 在突变效应预测中的应用及表现）。

11-22

• 发布了新文章（深度学习 loss 追踪器（用于追踪 loss 变化））。

11-08

• 更新了文章（贝叶斯建树之 Mrbayes 篇）。

10-30

• 因为没梯子访问 Cloudflare 加速的页面（指博客）实在太慢了，所以在有的没的及个人介绍页面添加了梯子链接。

10-29

• 发布了新文章（Python 循环太费时？让多进程解决这个问题（concurrent））。

10-12

• 发布了新文章（Python seaborn 绘制复杂多变量图（hexbin + 拟合直线））。

10-09 重大更新

• 针对 Bing 的 SEO 报告对所有文章进行了修改以优化搜索引擎扫描。

10-08 重大更新

• 更新域名，通过脚本继承旧域名主要页面阅读量。

10-07

• 更新了文章（贝叶斯建树之 Mrbayes 篇）。

10-05

• 发布了新文章（关于人类基因组注释中起始和终止位点相同的现象）。

9-09

• 为 Jusekit 系列文章新增了界面演示超链接。

9-05

• 更新了文章（DiscoVista 可视化系统发育不一致）。

9-02

• 更新了文章（比较转录组分析（七）—— 系统发育分析）。
• 更新了 JuseKit，现在可以通过菜单项快速找到相应教程。

9-01

• 发布了新文章（JuseKit（八） —— 计算转录组组装指标）。

8-27

• 更新了文章（JuseKit（七） —— 绘制 GO 富集分析气泡图）。

8-26

• 更新了琐碎的日常。

8-19

• 更新了文章（关于 PAML 的一二三事）。

8-11

• 发布了新文章（基于 js 在系列文章开头设置文章传送门（hexo + butterfly））。

8-09

• 在系列文章（比较转录组分析 & JuseKit）的开头通过 js 引入了传送门，以实现文章之间的引流。

8-04

• 发布了新文章（JuseKit（七） —— 绘制 GO 富集分析气泡图）。

8-02

• 更新了文章（比较转录组分析（七）—— 系统发育分析）。

7-24

• 简化了不必要的 web 元素。

7-19

• 更新了文章（关于 PAML 的一二三事）。

7-16

• 更新了文章（比较转录组分析（七）—— 系统发育分析）。

7-13

• 更新了文章（常见的一些 linux 实用命令）。
• 修改了部分页面布局。

7-12

• 发布了新文章（DiscoVista 可视化系统发育不一致）。

7-08

• 精简了部分文章内容。
• 修改了部分文章图片大小。

7-07

• 更新了文章（常见的一些 linux 实用命令）。
• 发布了新文章（使用 IQTREE 计算一致性因子）。
• 精简了部分文章内容。

7-06

• 发布了新文章（贝叶斯建树之 Mrbayes 篇）。

7-04

• 更新了文章（用于 IQtree 的序列串联方法）。
• 发布了新文章（JuseKit（六） —— 绘制火山图）。

7-03

• 解封并更新了文章（单基因 dN、dS 和 ω 的滑动窗口绘制方法）。
• 更新了文章（关于 PAML 的一二三事）。
• 更新了文章（生信导论）。
• 更新了文章（比较转录组分析（一）—— 前提及概要）。
• 更新了文章（比较转录组分析（二）—— 原始数据的质控与转录组组装）。
• 更新了文章（比较转录组分析（三）—— 组装的质量检测与去冗余）。
• 更新了文章（比较转录组分析（四）—— 组装的注释）。
• 更新了文章（比较转录组分析（五）—— 转录本定量与差异表达分析）。

6-26

• 解封并更新了文章（比较转录组分析（六）—— GO 富集分析与可视化）。

6-24

• 更新了文章（关于 PAML 的一二三事）。
• 解封并更新了文章（比较转录组分析（七）—— 系统发育分析）。

6-23

• 发布了新文章（Astral 建树指南）。

6-21

• 更新了文章（关于 PAML 的一二三事）。
• 更新了文章 常见的一些 linux 实用命令 。
• 更新了文章（JuseKit（三） —— 串联序列、根据id提取序列、批量修改文件尾缀）。

5-20

• 更新了文章（关于 PAML 的一二三事）。

5-14

• 发布了新文章（JuseKit（五） —— 用于系统发育分析的序列过滤）。
• 修正了所有 Jusekit 文章中的下载地址。

5-6

• 发布了新文章（关于 PAML 的一二三事）。

4-26

• 发布了新文章（JuseKit（四） —— 序列格式转换以及 Orthogroup 的 cds 提取）。
• 更新了文章（比较转录组分析（七）—— 系统发育分析）。

4-24

• JuseKit 更新，先行版本已在 github 上发布。
• 更新了文章（JuseKit（二） —— 序列id简化、加前缀尾缀或转变为物种名）。

4-20

• JuseKit 更新，先行版本已在 github 上发布。
• 更新了文章（比较转录组分析（五）—— 转录本定量与差异表达分析）。

4-13

• 发布了新文章（JuseKit（三） —— 串联序列、根据id提取序列、批量修改文件尾缀）。
• 更新了文章（JuseKit（二） —— 序列id简化、加前缀尾缀或转变为物种名）。
• 对博客的夜间模式页面进行了完善，现在的夜间模式也能正常使用了！

4-9

• 发布了新文章（JuseKit（二） —— 序列id简化、加前缀尾缀或转变为物种名）。

4-8

• 发布了新文章（JuseKit（一） —— 提取最长转录本）。

4-7

• 更新了文章 用于 IQtree 的序列串联方法。
• 更新了杂谈，可以在琐碎的日常里偷窥 Juse 和他伙伴们的抽象大作了。

4-6

• 发布了新文章（文献分享篇（一）—— 系统发育转录组学是否靠谱？）。

3-27

• 发布了新文章（关于 mamba install 时会出现的两个错误解决方案）。

3-13

• 发布了新文章（单基因 dN、dS 和 ω 的滑动窗口绘制方法）。

3-9

• 更新了文章 常见的一些 linux 实用命令 。
• 发布了新文章（当 cmake 遇上 permission denied）。

3-2

• 发布了新文章（基于 Cytoscape 的富集网络图绘制）。

2-23

• 更新了文章 常见的一些 linux 实用命令 。

2-17

• 发布了新文章（比较转录组分析（七）—— 系统发育分析）。
• 更新了文章 常见的一些 linux 实用命令 ，更改了其中的部分内容。
• 更新了琐碎的日常。

2-6

• 更新了比较转录组分析（三）文章，修改了更新日志中的 tip。

1-31

• 修改了部分页面的布局，简化掉了一些花里胡哨的东西（虽然还存在一部分）。

1-29

• 发布了新文章（用于 IQtree 的序列串联方法）。
• 更新了琐碎的日常。

1-11

• 更新了比较转录组分析（四）文章，删除了后记的题外话部分，新添了 KEGG 注释的方法。

2022

12-29

• 开设了更新日志栏目。
• 更新了比较转录组分析（四）文章，新添了 GO 分类柱状图的绘制方法。